В 1787 году Джон Сайбхорп был назначен Профессором (по Шерардианской стипендии) в Ботаническом Саду после отставки своего отца. Сайбхорп был трудоголиком (в отличие от своего отца), и он много путешествовал по Греции и Эгейскому морю. Однако именно во время его путешествий по Северной Европе в 1790 году он собрал семя черной сосны, которая сейчас является одним из самых больших деревьев в Саду. Он отослал семя своему главному садовнику, Джону Форману. Получившееся молодое дерево было посажено в 1800 году Джеймсом Бенвеллом. Это делает эту сосну самым старым экземпляром этой разновидности в Великобритании. Это дерево выросло и его стали назвать "самым вдохновенным деревом" в Саду. Эта сосна была любимым деревом Дж. Р.Р. Толкейна и позже она вдохновила на написание "Темной Трилогии Материалов Филипа Паллмана", доказывающей, что растения могут питать наши умы так же как наши тела.

После того, как профессором стал Чарльз Долбни в 1834 году, сад был значительно изменен и расширен. Долбни был современником Чарльза Дарвина, знаменитого ученого и очень богатого человека. Возможно, самое замечательное достижение Долбни в Ботаническом Саду было созданием Дома Кувшинки с его огромным резервуаром. В 1849  году Герцог Девонширский пригласил Долбни вступать в партию выдающихся ботаников и садоводов в Доме Четсворт, чтобы иметь возможность приходить и навещать свои растения Виктории Амазонии. Это был первый раз, когда кувшинка Виктории цвела в Великобритании. Как только Долбни увидел это, он заявил, что он просто должен иметь один экземпляр, и он вернулся в Оксфорд, чтобы построить Дом Лилии и резервуар. Он успешно выращивал эту разновидность, и Виктория зацвела снова в 1851 году. Затем была введена практика брать по шиллингу у желающих прийти в ботанический сад и увидеть цветок. Люди Оксфорда не только избегали, но также и писали расстроенные письма, выражающие их беспокойство относительно того, что они должны платить деньги, чтобы увидеть только одно единственное растение. К 1859 году администрация сада прекратила выращивать Викторию, и растение не выращивалось в Оксфорде в течение почти 150 лет.