В 1567 году был основан ботанический сад Университета Валенсии, известный как Эль Ботаник. В течение 200 лет это был участок, используемый для того, чтобы выращивать  лекарственные растения, связанные с исследованиями в Медицине. Вплоть до 19-ого столетия этот сад был расположен во многих местах в пределах города Валенсия. В 1802 году было определено место, в которое Университет окончательно переместил свои ботанические сады. Это был участок Эль Уэрто де Трамойерес, расположенный за пределами городских стен, около Женского монастыря Святого Себастьяна, около Торрес де Куарт. В течение 19-ого столетия классы по Ботанике проводились в саду, и эксперименты студентов также выполнялись с растениями сада в целях развития сельского хозяйства. В течение 20-ого столетия Эль Ботаник был немного "заброшен", и только в 1987 году Университет Валенсии начал процесс полного восстановления сада, который закончился в 2000 году.  В настоящее время, в Саду выполняются исследования относительно разнообразия растений, сохранение редких, местных или вымирающих видов Средиземноморской флоры и сохранение естественных сред обитания. Кроме того, есть непрерывная образовательная и культурная деятельность, выполненная отделами образования и культурных мероприятий и пресс-центра Ботанического Сада.

В течение 18-ого столетия направление развития ботанического сада было изменено под влиянием экспедиций в неизвестные земли во время правления Карлоса III, и открытием новых растений, а также растущего интереса в развитии естественных и сельскохозяйственных наук. Понятие Ботанического Сада также изменилось, и стало восприниматься как место, в котором все виды растений должны быть выращены и изучены, а не только лекарственные растения. Университет искал место для нового сада в Валенсии. Канцлер Деметрио Лорес (Demetrio Lores) предложил расположить его в Аламеде в 1757 году, но это предложение стало реальностью только спустя три десятилетия. В 1787 году, с новым учебным планом, составленным Канцлером Висенте Бласко (Vicente Blasco), университетские исследования подверглись модернизации, и важность наличия ботанического сада, чтобы изучить ботанику была подчеркнута. Real Societat Economica d’Amics del Pais Valencia поддерживал эту модернизацию, и в конце столетия город Валенсия выделил земли в Аламеде под ботанический сад. Однако этот проект полностью никогда не был выполнен, из-за разногласий, которые возникли относительно управления садом, между Reial Societat Economica и Университетом, а также из-за плохого качества земли и протестов граждан, которые хотели продолжить использовать область для прогулок и фестивалей. В начале 1802 года Канцлер Висенте Бласко поручил Франсиско Гила (Francisco Gil) спроектировать Ботанический Сад в Уэрто де Трамойерес (Huerto de Tramoyeres), его современном местоположении. Антонио Хосе Каванийес (Antonio Jose Cavanilles) был советником Канцлера и активно участвовал в проекте. Они провели два года, перевозя растения из Аламеды и ботанического сада в Archbishopry Puzol, финансируя посадку и приобретая книги и материалы для классов по ботанике. В 1805 году Висенте Альфонсо Лоренте (Vicente Alfonso Lorente) был назначен директором нового ботанического сада, и создал Школу Ботаники, организованную согласно "половой классификации Линнея". Сад был открыт в 1806 году, и преподавание классов по ботанике началось сразу же после открытия сада. Однако дальнейшее развитие Эль Ботаник было приостановлено после прибытия Наполеоновских войск в город в 1811 году. Лоренте был помещен в тюрьму и приговорен к смерти, от которой он был спасен благодаря вмешательству Леона Дуфура (Leon Dufour), доктора и натуралиста, который сопровождал войска. Когда, наконец, войска были выведены Хосе Паули (Jose Pauli) принял руководство, но только когда Хосе Пискуета Дондай (Jose Pizcueta Donday) стал директором, настоящий процесс восстановления сада начался. Сад достиг пика своего развития в этот период времени: коллекции растений были увеличены; были построены специальные установки для вьющихся растений; и, Школа Ботаники была модернизирована, применяя систему Стефана Эндлихера (d'Endlicher) в классификации растений.

Следующие директора были назначены управлять Ботаническим садом в течение 19-ого столетия: Рафаель Систернас (1867-1876 гг.), Хосе Аревало Васа (1876-1888 гг.) и Эдуардо Боска (1888-1913 гг.). Под руководством второго Сад был расширен, чтобы охватить исследования, связанные с сельскохозяйственным развитием, а также была построена оранжерея с водоемами. Последнее крупномасштабное строительство было совершено по приказу Боска: Дом Тени. В конце столетия классы по Ботанике больше не преподавались в Ботаническом саду, и были перемещены в здание в Ла Нау (La Nau), старом административном здании Университета Валенсии. Сад сохранился, выстояв во всех трагических событий первой половины 20-ого столетия: колониальные войны, Гражданская война, послевоенный период и наводнение 1957 года. Во время этого периода снижения директором ботанического сада был Франсиско Белтран (Francisco Beltran), который заботился о поддержании коллекций и обмена семян, а также о ведении учета растений, выращенных там; однако, все эти труды были потеряны во время наводнения. Следующие два года были периодом восстановления Сада, удаление грязи и отмывания зданий и строений сада. В 1962 году Белтран умер, и Игнасио Докаво (Ignacio Docavo) принял руководство Садом на себя. Первые шаги, сделанные Докаво, были сосредоточены на восстановлении зданий, чтобы реабилитировать библиотеку, гербарий и банк семени. Снаружи, только большие деревья оставались, а Дом Тени и Оранжереи были в очень плохом состоянии. Каталонский садовый архитектор и дизайнер Хуан Паньелья был пригашен, чтобы реконструировать их, и для создания отдельных зимнего сада и тропического сада. Позже, Паньелья также руководил созданием сада с т.н. сочными растениями. Также под руководством Докаво обучающие классы возобновлены; во-первых, были возобновлены практические демонстрационные классы по Ботанике, которые преподавали профессора из Школы Наук и, впоследствии, эти классы были дополнены классами преподавателей школы Биологических и Фармацевтических Наук. В 1985 году, Эль Ботаник был признан частью Университетских институтов и стал известен, как “Университетский центр исследований, обучения и культуры”, и перешел под управление центрального руководства университета. Два года спустя, Канцлер Рамон Лапьедра назначил Мануеля Коста, Профессора Школы Фармацевтики директором Сада и он стал ответственен за составление проекта для полного восстановления ботанического сада Университета Валенсии.

Восстановление было выполнено в два этапа, первый (1989-1991 гг.) был направлен на восстановление области садов, включая восстановление зданий, и увеличение коллекции растений. Новые коллекции были размещены в оранжереях (орхидеи, бромелиевые, суккуленты, тропические и плотоядные растения) и открылись для общественности. Кроме того, Школа Ботаники Сада была повторно открыта в соответствии с современными понятиями систематики. 12-ого июня 1991 года, Эль Ботаник открыл свои двери для общественности. Сад начал новую эпоху научного распространения, образовательных мероприятий, исследования относительно биологического сохранения и культурных мероприятий. Вторая фаза в процессе восстановления предполагала строительство здания для исследовательских задач, которое было открыто 18-ого мая 2000 года. В этот период Антони Агилелья принял руководство Эль Ботаник, отмечая начало новой эры, в которую Наука, Культура и Природа стали тремя столбами организации нового сада в 21-ом столетии.