Только в 1642 году у ботанического сада появился первый Хранитель Сада. Это был Джекоб Боберт, и в течение первых семи лет Университет был не в состоянии платить ему зарплату. В это время он помогал саду сводить концы с концами, продавая фрукты, выращенные в Саду. Среди этих фруктов была мушмула (Mespilus germanica), которая также была внесена в первый каталог растений Сада, который был издан в 1648 году.  Не все растения были экономически важны. Самое старое дерево в Саду - английский тис, который был посажен Бобертом в 1645 году.

Он привил много пар тисовых деревьев в Саду просто для красоты. В течение многих лет эти деревья подрезались во множество форм, и это является причина того, почему сохранившийся экземпляр не имеет того размера, который должен быть у тисового дерева, которому уже более 450 лет. Это  дерево является самым старым растением в прежнем "физическом саду" и является символом сада, поскольку эта разновидность в настоящее время является источником препарата taxotere, который используется при лечении рака груди, яичников и цервикального рака. За Бобертом на посту хранителя следовал его сын, Джекоб Боберт, который также взял на себя роль Профессора Ботаники в Университете. Сад был его самой большой страстью. Один современный посетитель описал его как человека, который все время возился в грязи сада и получал от этого удовлетворение. В течение его времени в Саду была собрана коллекция разновидностей растений, с которой он собрал банк семян. Этот список послали в другие ботанические сады с предложением, чтобы семена могли быть обменены на другие, которые доступны в тех садах. Именно это начинание Боберта Младшего было предшественником ежегодных списков семени, которые в настоящее время издаются и распространяются ботаническими садами во всем мире. Многие из растений, растущих в Саду сегодня, появляющихся в саду сегодня, появились именно через этот Международный Обмен Семенем. Каждый год свой список семени посылается в больше чем 400 садов по всему миру. В течение всей истории Сада были периоды, когда сад приходил в упадок, и так случилось после того, как Боберт Младший удалился от дел по управлению садом в 1719 году. Человеком, который спас Сад, был Уильям Шерард. Он был студентом в Оксфорде и затем очень много путешествовал, собирая растения по всему миру. Он признал невыполненный потенциал Сада и когда он умер в 1728 году, он оставил деньги, чтобы обеспечить профессорскую кафедру по Ботанике. Шерард приложил ряд условий к своему пожертвованию. Самое важное касалось того, что Университет должен давать 150 фунтов каждый год управлению Садом, таким образом, гарантируя, что Ботанический Сад получает ежегодный бюджет. Сегодня Университет ежегодно дает 400 000 фунтов управлению Садом.